Después de haber terminado su misión de cinco años, el ahora almirante James T. Kirk (William Shatner) se dedica a el entrenamiento de cadetes en la academia espacial.

Mientras tanto un peligroso criminal, Khan Noonieng Singh (Ricardo Montalban), genéticamente mejorado con una inteligencia y fuerza sobrehumana ha regresado con un dispositivo llamado proyecto Génesis. Este dispositivo puede convertirse en el arma más destructiva jamás conocido.

Khan se ha apoderado de la nave U.S.S. Reliant y se dirige a enfrentar en un combate al U.S.S. Enterprise y a su capitán James T. Kirk. Situaciones inesperadas de parte de Kirk y su tripulación darán al traste con las intenciones de tan particular villano.

Luego del éxito de "Star Trek: The Motion Picture" (1979) se dio inicio a esta secuela utilizando por primera vez una secuencia completa con la técnica "Computer Generated Imagery" (Imágenes Generadas por Computadora).

El film es considerado uno de las mejores de la franquicia de "Star Trek", por su gran éxito en la taquilla y en especial por su particular villano interpretado por el gran actor mexicano Ricardo Montalbán (1920-2009).

El film también represento para actriz Kirstie Alley reconocimiento en los medios que la llevo a trabajar en la conocida serie de televisión "Cheers" (1982-1993), lo que le valió un "Golden Globe" y dos "Emmy" por mejor actriz en una serie de comedia.

La película tuvo un presupuesto de $11 millones y generó por venta de taquillas la cantidad de $97 millones, más $72 millones por la venta de alquiler en los videoclubes, además recibió diez nominaciones a diferentes premios en festivales de cine, de los cuales ganó dos de ellos.