Al grano:
3 historias: Colonial, presente , futuro.
La historia colonial es simplemente el relato en imágenes de lo que esta escribiendo la protagonista. Es el el Libro, no hay mas. Es por así decirlo pura paja para el desarrollo de la película (aporta eso si momentázos visuales).
Bien, una vez aclarado, la historia principal tiene 2 partes, la presente o actual, y un futuro lejano. Obviamente esa esfera es una nave espacial.
El personaje principal intenta a base de muchas pruebas en monos erradicar un tumor, para poder así salvar a su mujer que esta a punto de morir. No consigue encontrar la cura, pero por casualidad encuentra lo que todo el mundo busca: la eterna juventud. El mono desarrolla nuevas neuronas y lo hacen mas joven.
La chica muere inevitablemente, pero el protagonista recuerda 2 conversaciones que tiene con ella: la de la terraza, y la del hospital: según los antiguos Mayas existe una estrella moribunda en donde las almas muertas vuelven a renacer, Xibalba; y la historia del difunto padre del guía Maya que explica que enterraron una semilla al lado de la tumba, que la semilla se convirtió en árbol, y que su padre había pasado a formar parte del árbol.
Así que nuestro protagonista vuelve a su laboratorio y les dice a sus compañeros que el proximo objetivo es dejar de envejecer, dejar de morir. Y planta una semilla donde esta enterrada su mujer, para que ese nuevo árbol fruto de esa semilla contenga a su esposa.
Consigue él mismo no morir, y han pasado centenares de años (quizás miles) , así lo indican los innumerables tatuajes que se ha ido haciendo a lo largo del tiempo, desde que empezó con su primer tatuaje después de morir su esposa. Han pasado tantos años que en un futuro muy lejano se lleva el árbol que contiene la esencia de su mujer en una nave espacial para llevársela a la estrella moribunda a millones de km de la Tierra para que una vez allí pueda renacer, según la antigua creencia Maya. Supongo que el protagonista esperaba un renacimiento físico , cuando lo que realmente sucede es que ella y él se vuelven a juntar en un todo con el Universo.

Quizás cueste de entender con un solo visionado, pero les recomiendo que las vean al menos 2 o 3 veces.