Y ahora vamos con la crítica con spoilers.
¿Cómo terminaba la serie? Madoka le pide a Kyubey que desea que todas las brujas de todas las lineas de tiempo, pasadas, presentes y futuras dejen de existir para siempre, convirtiéndose así ella en la puella magi más poderosa de todas, venciendo a la walpurgi y salvando a Homura (porque Mami, Sayaka y Kyoko mueren a lo largo del anime). Tras eso Madoka hace renacer el universo siendo ella el nuevo Dios de este, creándose así "La Ley del Ciclo" la cual consiste en que cuando una puella magi está a punto de sucumbir a la oscuridad, como las brujas ya no pueden existir la propia Madoka se encarga de buscarlas y llevarlas con ella al paraíso donde podrán vivir eternamente y en paz, quedando solo Homura como la única puella magi que queda viva para seguir luchando contra los nuevos enemigos (las bestias oscuras) y teniendo a los incubadores como compañeros, vamos que ya no son enemigos y trabajan codo con codo.

Bien, pues en Rebellion olvidaos de lo último que he dicho. En la película te dan a entender que Homura está presa en una especie de simulación creada a partir de recuerdos suyos (razón por la cual Madoka, Sayaka, Kyoko y Mami están vivitas y coleando) ya que los incubadores la han capturado (vete tú a saber cómo y por qué) y se dedican a hacer pruebas con ella. Más temprano que tarde Homura se da cuenta que esa no es su realidad sino que está en un mundo artificial tipo Matrix y que la causante de todo esto es... ¡una bruja, y peor aún, la bruja es ella misma! ¡Pero vamos a ver ¿no había pedido Madoka el deseo de que las brujas nunca más tenían que existir?! ¡Por mucho que los incubadores estuviesen haciendo pruebas con Homura les sería imposible convertirla en una por "ley divina"! Pero esperad, que no contentos con eso ahora resulta que Mami tiene como mascota a la bruja Charlotte, quién como sabréis fue quien acabó con Mami en el capítulo 3 arrancando su cabeza de un mordisco. Y además Sayaka (que en el anime muere al transformarse en bruja cuando descubre que el chico que le gusta no solo pasa de ella sino que encima se hace novio de una muy amiga suya) en la película no solo puede utilizar su "forma bruja" como si fuera un mecha gigante tele dirigido sino que encima te insinúan que tanto ella como Kyoko están enrolladas. ¡¿Pero esto cuando demonios ha pasado?! ¡En el anime, vuelvo y repito, Sayaka estaba enamorada de un chico de su clase que estaba hospitalizado por culpa de un accidente, que se volvió puella magi con el deseo de que se curase, y que más adelante se convirtió en bruja precisamente porque luego este chico no la hacía ni puto caso! ¡¿Pero que giro de guión forzado es este?! Creía que nada podía forzar el romance forzado de la Viuda Negra y Hulk en los Avengers, y ya veo que me equivoqué. Y ojo, me parece bien que en una película (ya sea de dibujos o no) quieran mostrar parejas del mismo sexo para dar a entender que la homosexualidad no tiene nada de malo, pero si quieren hacerlo que lo hagan con personajes que hayan mostrado desde siempre tener esa condición sexual, porque que ahora Sayaka sea lesbiana cuando en la serie estaba por su compañero hospitalizado que no cagaba choca bastante con la historia del personaje.

Y para colocar la guinda sobre el pastel cuando las puellas magis salvan a Homura y la salvan de esa realidad creada por ella misma y aparece Madoka Dios para llevársela con ella, cumpliendo así la ley del ciclo que hasta ahora la peli se había pasado por el forro, Homura despierta y con el mayor deus ex machina que jamás he visto en un anime, atrapa a Madoka utilizando sus nuevos y oscuros poderes fruto del amor obsesivo que siente por ella y se convierte literalmente en el demonio, resetando el universo y convirtiendo a Madoka y compañía en chicas normales sin saber nada de su pasado, dándonos un final agridulce y bastante decepcionante.