La República Galáctica sigue decrépita. El Gobierno del Canciller Palpatin es acusado de corruptelas y mala gestión, estallando un conflicto separatista, encabezado por la oligarquía que controla la Federación de Comercio, que acabará por poner en jaque a la estabilidad del régimen. ¿Qué hacer frente a esta amenaza inminente? Los políticos de la República se dividen entre aquellos que apoyan la creación de un ejército, y los que no, dentro de los cuales destaca la voz de la Senadora Amidala, antigua Reina de Naboo, y principal objetivo a eliminar por el movimiento separatista.

El Consejo Jedi, por tanto, se ve desbordado ante esta situación. No son suficientes como para frenar un conflicto civil como este. Aunque, de momento, se centrarán, tanto Obi-Wan como su aprendiz Anakin Skywalker, en la protección inmediata de Padme Amidala. Esta tarea les llevará, por empeño del joven padawan, a la investigación de quién hay detrás de los intentos de asesinato de la Senadora. Será el maestro Obi-Wan, siguiendo el rastro del cazarrecompensas que acechaba a Padme, quien descubra un terrible secreto oculto en el planeta Kamino, lugar en el que los kaminoianos están construyendo un ejército de clones por orden de algún Jedi.

Mientras, Anakin se marchará a Naboo con Amidala, buscando protegerla de los males que la persiguen. Allí estallará un amor secreto entre ambos, con diálogos y reflexiones que irán marcando la incipiente atracción por el lado oscuro del joven padawan. Sus temores y miedos, le conducirán, en compañía de Amidala, al planeta Tatoon en busca de su madre. Tal búsqueda resultará del todo dolorosa cuando descubra que los Tusken, moradores de las arenas, habían secuestrado a su amada madre, pereciendo esta en sus brazos, haciendo estallar toda la ira y el rencor que lleva dentro.

Por su parte, Obi-Wan, además de haber descubierto el ejército clon en Kamino, sigue el rastro del cazarrecompensas, quien le llevará al planeta Geonosis, lugar en el que reside el verdadero corazón de los separatistas, encabezados por el misterioso conde Dooku, antiguo padawan de Yoda y maestro de Qui-Gonn. Enviando un mensaje al Consejo Jedi, estos acudirán en auxilio de Obi-Wan, librando, para desgracia de la República, la primera batalla entre los droides de los separatistas y los clones de la República.

Todo quedará con un ejército de clones ya formado al servicio de la República. Una República caótica en la que uno no sabe quién gobierna y en pro de qué intereses. Cuidado con el personaje del conde Dooku, interesado, astuto y hábil, al servicio de Darth Sidious, y cuyo fin ya parece haberse satisfecho: allanar el camino para que estallara el conflicto interno. Amidala y Anakin se casarán en secreto en los Lagos de Naboo….