Como casi siempre, se han alzado voces que han criticado el componente homoerótico del relato, demostrando con ello una supina ignorancia, además de homofobia y un ridículo puritanismo, en relación a la sociedad de la antigua Grecia y su visión de las relaciones sexuales y amatorias, donde hechos como la homosexualidad y la pederastia no sólo no eran mal vistos sino que eran práctica habitual y casi un sistema educacional en sí mismo, dentro, cabría recordar, de una de las civilizaciones más avanzadas y progresistas de la historia.

Lo cierto es que en la película abundan las referencias y situaciones a la relación de atracción mutua entre Alejandro y Hefestión, ya desde las primeras escenas de la infancia de ambos, cuando son instruidos por Aristóteles. Sorprende tanta deliberada ausencia de sutilidad en una película de gran estudio, hasta el punto de que se podría decir que este 'Alexander' es la primera superproducción desacomplejadamente "gay" de la historia de Hollywood.