Para empezar, no están en otro mundo, al igual que en su antecesora, están en la Tierra.
Entran en un agujero espacio temporal y cada uno sale en un momento diferente: la nave que se pierde primero es la primera en salir (cuando en el planeta aun no habría vida inteligente, de ahí que se hagan los monos con el control)
Luego se perdió otro mono recuerdo, este salió poco después que el protagonista, al final.
Lo que sucede es que la nave primera cae en la Tierra hace muchos años (en el pasado), cambiendo así su historia (los monos la conquistan), luego muchos años después cae el protagonista (en un pasado más reciente), luego cae el mono de la cápsula. Cuando el protagonista decide irse, vuelve a entrar en el agujero y sale en la época actual (está viajando al futuro en ese momento) y cuando cae en la Tierra esta sigue siendo gobernada por los simios.