Con todo, hay que decir que tiene sus fallos y que la serie está lamentablemente bastante lejos de ser una obra perfecta.

En primer lugar, es muy irregular. No es una serie que resulte mala o infumable en ningún momento, pero aún así la diferencia de calidad entre la primera y la segunda parte de la misma es muy acusada. Mientras la segunda encadena obra maestra tras obra maestra, la primera resulta insegura en su retrato de los personajes, se apoya en exceso en topicazos y no avanza ni a pedales; se repite una y otra vez en su estructura (una parte que nos muestra la vida cotidiana de los niños, y otra en la que entran en acción), y no logra ni explorar a fondo los conflictos de sus personajes, quedándose en un eterno planteamiento, ni transmitir efectivamente la sensación de peligro, porque la acción se precipita y el esquema termina haciéndose predecible.

Por otro lado, y aunque no niego el excelente nivel de documentación de la serie y su originalidad en la creación de su mundo de ciencia ficción, creo que ésta abusa demasiado de las explicaciones a posteriori, es decir, cuando todo parece perdido sucede algo inesperado que salva a los personajes y posteriormente se da la explicación, pero en el momento no se sabe de dónde sale. Esta estructura se repite varias veces a lo largo de la historia y no me parece una forma demasiado lícita de mostrar los acontecimientos.

Por último, la trama más "administrativa", la que se refiere al origen y desarrollo de NERV, queda coja, así como otras cuestiones fundamentales como el origen de los Ángeles y muchas circunstancias que rodean al Segundo Impacto. Esto es algo que muchos fans han criticado al ver que los dos últimos episodios no resolvían nada. Sin embargo, a mí esto no me ha molestado por dos motivos: el primero es que la serie posteriormente se completó con dos películas, de las cuales espero que resuelvan mis dudas, y por tanto el hecho de que la historia quede incompleta con ella no me resulta ni mucho menos traumático. El segundo es que estos dos últimos capítulos se centran en lo que a la postre era lo que más me interesaba de la serie, la dimensión psicológica de sus protagonistas. Es decir, lo que me atrae no es tanto la imaginería tecnológica de la obra, sino la visión de ésta como causa y efecto de la condición humana de los personajes. Y en ese sentido, se plantea una exposición brillante de la mente de Shinji, y en menor medida de Asuka, Rei y Misato, que logra, mediante un extrañísimo viaje introspectivo, explicar y poner en contexto la complejidad de sus traumas. Creo que, al menos para ese aspecto de la serie, y en mi opinión el más importante, es una conclusión excelente.