La trama principal es que aparecen las 3 aves legendarias de la primera generación (Moltres - Articuno - Zapdos). Un hombre X las captura y así causa un desequilibrio en la naturaleza, se desatan los truenos, se derriten los hielos causando inundaciones y los volcanes comienzas con sus procesos de erupción. Para salvar tan mala situación aparece Lugia, el nuevo Pokémon legendario de la segunda generación, el cual sería la mascota de la franquicia representando su juego Plateado (Silver).

Para las personas que nos gusta la serie, la película se sitúa en las Islas Naranjas, una secuela entre la primera y segunda generación, que honestamente fue una pérdida de tiempo, de hecho ni en el juego ni el cómic aparecen estas islas.

Es una película para un grupo limitado de personas, un adulto no entenderá nada, por la cantidad de personajes (extraños) que aparecen en el film.