El principio de la película es un poco raro. De manera extraña y no sé como, Kong esta encerrado en una cúpula haciendo simulación a la Isla Calavera y esta vigilada por la dra. Ilene Andrews (Rebecca Hall) y también hay una niña que se comunica con Kong por lengua de signos llamada Jia (Kaylee Hottle).

En una empresa llamada Apex Cibernetics, trabaja Bernie Hayes (Brian Tyree Henry) para un señor llamado Walter Simmons (Demian Bichir). Bernie roba unos documentos en pendrive, cuando de repente a Godzilla se le cruzan los cables y ataca a la empresa y Bernie sale ileso de esta.

Madison Russel (Millie Bobby Brown) escucha unos podcast que hace Bernie y ella cree que dice verdad sobre Godzilla y con su amigo Josh (Julian Dennison) van a buscar a Bernie en una furgoneta.

Simmons y un compañero suyo, Ren Serizawa (Shun Oguri) visitan al dr. Nathan Lind (Alexander Skarsgad), que cree en la tierra hueca y también cree que Kong y Godzilla vienen de allí, así que Simmons y Serizawa quieren que lleve a Kong hasta la tierra hueca.

Maddie y Josh encuentran a Bernie y este se lleva a los niños a los restos que quedaron de Apex Cibernetics y se cuelan en un tren donde hay huevos de Skullcrawlers.

Con la ayuda de la dra. Andrews, Lind lleva a Kong por mar hasta la tierra hueca, no sé como habrán dormido a Kong y puesto en un barco, en fin... También conocen a otro humano más que no hará nada en la trama llamada Maia Simmons (Eiza González), la hija de Walter Simmons.

Ahora Jia siente la presencia de Godzilla y preparan a Kong para que pelee. Pero gana Godzilla, así que se llevan a Kong colgado de unos helicópteros, tampoco se como lo han subido.

Bernie y los niños llegan a Honk-Kong y ven que Simmons ha creado a Mecha Godzilla, que se controla manualmente y de eso se encarga Serizawa. Detienen a Bernie y los niños y los llevan ante Simmons.

En la Antártida, Kong y los humanos en unas naves entran a la tierra hueca y allí Kong mata dragones de la forma más vil posible y encuentra un hacha, mientras Godzilla llega a Honk-Kong y lanza un rayo al suelo.

Maia se lleva muestras de la tierra hueca pero Kong hace explotar a Maia, lo que Lind, Andrews y Jia aprovechan para escapar.

Toca otra pelea entre Kong y Godzilla, en la cual Kong usa su hacha para atacar a Godzilla y este se ríe. Pues porque sí, supongo que quizá se quedo corta la película.

Godzilla derrota a Kong otra vez y lo deja malherido. Mientras, en Apex Cibernetics (de Honk-Kong) Mecha Godzilla se vuelve loco y mata a Simmons y Serizawa es electrocutado y por si lo dudabas también muere.

Mecha Godzilla escapa y se pelea contra el autentico Godzilla, pero el robot es más fuerte que el autentico, y Lind reanima a Kong con su nave y Kong se prepara para pelear contra Godzilla, pero Jia le dice que Godzilla es bueno y el robot es malo y los dos titanes pelean contra Mecha Godzilla y lo destrozan.

Al final, todos los protagonistas se reúnen, Godzilla se va a vivir al fondo del mar y Kong a la tierra hueca.