La travesía a través del río Nung se divide en tres etapas de deshumanización: la deshumanización del enemigo, la deshumanización moral y la pérdida de la cordura. La primera etapa, protagonizada por el carismático teniente coronel Kilgore, se caracteriza por la exaltación bélica y el vilipendio de los soldados norvietnamitas. El cowboy del Napalm, encarnado por un mítico Robert Duvall, consigue satisfacer a toda costa sus instintos primarios, aún a expensas de deshumanizar sin ningún tipo de reparo al enemigo, como demuestra al depositar una carta encima de cada uno de los cadáveres hacinados y al ordenar el ataque con Napalm con el mero objetivo de poder ver a Lance surfear. Kilgore representa un pseudo-Cíclope moderno, a quien los integrantes del barco tienen que sortear para poder seguir con su periplo río arriba.

La segunda etapa, simbolizada por las conejitas de Playboy, se distingue por la dejación de cualquier principio de camaradería hacia el prójimo y la apetencia egoísta por conseguir una gratificación inmediata, aunque ello conlleve causar estragos en otros soldados. Al igual que sucedía con los navegantes en el relato de la Odisea al toparse con las sirenas, los reclutas pierden el control de sí mismos y abandonan cualquier principio moral para sucumbir a la lujuria.

Finalmente, la última etapa, representada por el puente fronterizo de Do-Lung, supone la pérdida de cualquier resquicio de cordura. En este emplazamiento, conquistado por el caos, todos los soldados han experimentado una irreversible deshumanización de su mente. El umbral del puente simboliza la entrada al tártaro, del que solo pueden emerger con vida los que han experimentado las tres fases de deshumanización de la condición humana. Es por este motivo que ni Clean (Limpio), ni Chief (Jefe), ni Chef consiguen sobrevivir, ya que no han descendido al infierno que reside en sus adentros. Solo Lance experimenta un distanciamiento progresivo de los principios morales de la sociedad y, junto con Willard, se adentran en el báratro creado por Kurtz, quien, consumido por el corazón de las tinieblas, ha creado un mundo desprovisto de consecuencias y en el que puede dar rienda suelta a sus instintos más animales.

Solo Willard y Kurtz son capaces de recorrer todas las etapas de deshumanización sin sucumbir a la locura y solo ellos dos no están obnubilados por juicios de valor y pueden vislumbrar la hipocresía de la guerra de Vietnam.

Willard sabe que no tiene elección. Todos quieren que ejecute a Kurtz. Incluso el propio Kurtz, quien tiene la certeza de que tendría una muerte noble a manos de un soldado que entiende su punto de vista del mundo. En lo que sí tiene elección Willard es en heredar o no el corazón de las tinieblas que posee Kurtz, sucumbiendo definitivamente a su lado más oscuro y perverso. Emprendiendo el viaje de vuelta, Willard abandona el corazón de las tinieblas en ese infierno recóndito de la jungla dominado por el horror para regresar a los principios morales que reinan en la civilización.

Francis Ford Coppola declaró que “Apocalypse Now no es sobre la Guerra de Vietnam. Apocalypse Now es Vietnam”. Todos tenemos un Vietnam en nuestro interior. De cada uno de nosotros dependerá que el horror permanezca aletargado en nuestro inconsciente o, por lo contrario, consiga nublar nuestro juicio y dominar nuestro libre albedrío...