Al principio es algo rara, ya que los intentos de asesinato a Padme no se explican bien. Una vez que el principio termina y Obi Wan empieza su investigación, todo comienza a despegar. A partir de ahora, la trama se divide en dos: la trama de Anakin y Padme y la de Obi Wan y los clones.
La primera, sobre todo al principio, es horrible. La parte en Naboo es aburrida, los diálogos son pobres y no hace avanzar la trama. Después van a Tatooine y se vuelve más interesante. Esta parte tiene sus defectos, pero es interesante y muestra la parte más oscura y siniestra de Anakin y es un momento clave para su desarrollo. Cuando se reúnen con Obi-Wan en Geonosis ya es mucho mejor.
Por otro lado tenemos la parte de investigación de Obi Wan. Es muy interesante e intrigante, casi detectivesca y cuenta con unas secuencias de acción excelentes. Cuando descubre Kamino no es tan interesante, pero cuando ya lo ha descubierto y llega hasta allí todo es muy importante. Primero, descubrimos un ejército secreto y luego se nos presenta a un cazarrecompensas (Jango Fett, el padre de Boba, que morirá más tarde). A partir de aquí ya llegamos a la muy divertida y excelente parte de acción, con la pelea, primero terrestre y luego espacial, entre Obi Wan y Jango Fett. Después de esto, ambas tramas se juntan.
Hay una parte política dentro de estas tramas, mucho más entretenida que la de la anterior entrega, en la que se le dan más poderes a Palpatine y es una parte clave para el desarrollo de la trama.
Aquí llegamos al clímax, cuando Anakin, Obi Wan y Padme son capturados y posteriormente rescatados por el ejército que acabamos de descubrir. En éste momento llegamos a la mejor parte, con mucha acción, batallas aéreas y terrestres, de espadas láser, con la Fuerza...
Tras la emocionante batalla llegamos al final, más calmado. Estas tres escenas finales son, sin duda, el mejor final de la saga. Primero se nos muestra una escena con Dooku, Darth Sidious (Palpatine) en la que hablan sobre sus planes, sin muchos detalles. Luego, hay una escena con los Jedi y luego el gran final: un desfile del poderoso Ejército Clon, con la Marcha Imperial de John Williams (esta escena es un spoiler, porque se nos muestra a Palpatine, el futuro Emperador, con el Ejército Clon, y la marcha imperial mostrando que Palpatine es el verdadero antagonista y la fatídica traición de los clones).