1. Suspensión o indeterminación del ánimo entre dos juicios o dos decisiones, o bien acerca de un hecho o una noticia. La hermana Aloysius Beauvier (Meryl Streep) duda del padre Flynn (Philip Seymour Hoffman). La hermana acusa al padre de aprovecharse indebidamente de un monaguillo de la Iglesia. La duda es inmensa, la duda lo abarca todo, las hermanas Aloysius y James dudan, el padre duda, y lo más importante, el director John Patrick Shanley hace que el espectador también dude.

2. Vacilación del ánimo respecto a las creencias religiosas. La hermana Aloysius Beauvier no pierde su fe, pero se aleja de Dios al involucrarse de manera tan personal en la acusación al padre Flynn. La hermana James (Amy Adams) no duda de Dios, pero sí vacila del Padre Flynn y duda de la hermana Aloysius. Y por último, el propio Padre Flynn parece dudar de sí mismo y de lo que él representa para la Iglesia.

3. Cuestión que se propone para ventilarla o resolverla. A esta premisa se dedica la hermana Aloysius, a destapar lo que ella cree una barbarie, una atroz injusticia cometida por el padre Flyn en contra de un niño indefenso. La resolución la buscará a través del engaño y la intimidación, lo que ocurrirá al final será un mar de dudas.