-Charles Xavier muere en “X-Men: La decisión final”, y al final vemos que su mente es depositada en otro cuerpo sin consciencia. No se explica nada de ello, aun viendo el increíble asombro de Lobezno al encontrárselo en “Lobezno inmortal”, justo antes de “Días del futuro pasado”. No sabemos por qué tiene el mismo aspecto, ni por qué va en silla de ruedas, si se supone que su mente pasó a otro cuerpo.
-En la primera película, al entrar por primera vez en Cerebro con Lobezno, Xavier le cuenta que Magneto le ayudó a construirlo. En “Primera generación”, vemos que Hank Mccoy es el creador de cerebro y lo tiene en instalaciones ajenas a la mansión, y ese Cerebro es el que usan durante esa historia. Al final de la película, Magneto se va por su cuenta y comienza la enemistad. ¿En qué momento se ha construido el Cerebro de la mansión y con Magneto ayudando? Como excusa rebuscada, podríamos pensar que Xavier y Eric lo construyeron juntos durante la estancia en la mansión con ayuda de Mccoy pero que no se llegó a estrenar hasta más tarde.
-En “La decisión final” vemos en la escena inicial a unos ya bastante adultos Xavier (caminando) y Magneto, yendo juntos a ver a Jean Grey siendo ésta una niña pequeña. Podemos entender que esta escena se situaría dentro de “Primera generación” mientras los dos van en busca de mutantes, pero uno se siente raro al ver que en esta escena inicial cuenta con los actores viejos y que aparentan una muy avanzada edad, al contrario que en “Primera Generación”
-En “Lobezno Inmortal” Lobezno pierde sus garras de adamantium en la lucha final contra el samurai, haciendo que reaparezcan sus garras clásicas de hueso. En esta última película vuelve a tener las de adamantium. ¿En qué momento se las ha vuelto a poner, cómo y por qué? Quizás sencillamente, se las quiso volver a poner porque les eran muy útiles, quien le ayudaría a manipular el adamantium y demás queda en el libre pensamiento.
-En la última escena de “La decisión final” vemos a Magneto solo en un parque y consigue mover muy levemente una ficha metálica de ajedrez, cuando se supone que había perdido sus poderes a causa de la vacuna. Se puede sobrentender que la cura no era definitiva y que simplemente era temporal, pero aun así, es algo que queda un poco en el aire y que hubiera merecido alguna explicación concreta.
-Moira Mactaggert aparece en “La decisión final” y “Primera generación”, ambas historias con al menos 30 años de diferencia, y en ambas películas, el personaje parece tener la misma edad aun siendo actrices diferentes.
-Casi al final de “X-Men orígenes: Lobezno”, vemos como Cíclope y otros mutantes escapan de la prisión y aparece Charles Xavier para recogerlos (caminando y sin pelo) habiéndolos guiado hacia la salida con su poder mental. La película se desarrolla cronológicamente después de los sucesos de “Primera Generación” y “Días del futuro pasado”, por lo que no tiene sentido que aparezca de pie.