Amenábar nos lleva a la Alejandría decandete del siglo IV. Allí, Hypatia, una joven filósofa y astrónoma, da clases magistrales a sus alumnos, jóvenes de clase alta. Entre ellos, se encuentra Orestes, un joven pagano e inconformista que siente amor por su maestra. El mismo amor que siente Davo, su esclavo, por ella.

Esa historia de amores entrelazados, se ve cerrada por un amor inmenso, el amor más grande de todos. El amor de Hypatia por el saber, por el conocimiento. Hypatia entregará su vida y devoción a la filosofía y astronomía, impidiendo así el amor carnal.

Sin embargo, esta historia de amores cruzados se verá perturbada por un contexto nada lúgubre en comparación con lo que se avecinaba en siglos posteriores. El cristianismo acaba de salir a la luz. Sus creyentes ya no son perseguidos ni crucificados. Ahora, en la Alejandría romana, conviven los cultos paganos con el cristianismo y el judaísmo.

Sin embargo, poco durará la convivencia pacífica. Una ofensa de los cristianos frente a los dioses paganos, provocará una reacción represora de éstos, iniciando así un combate que desembocará con los paganos asediados tras sus murallas, protegiendo con su honor la biblioteca de Alejandría. Pero los romanos se decantarán en favor de los cristianos, obligando a abandonar su biblioteca a los paganos.

La batalla habrá sido perdida para los paganos, el cristianismo habrá borrado de su lista de rivales a éstos. Hypatia, se sumergirá en el dolor más profundo al abandonar ese templo del saber que era la biblioteca. Ahora, durante un tiempo, existirá una paz forzada en Alejandría. Los paganos serán reconvertidos al cristianismo. Uno de ellos, Orestes, llegará a ser Prefecto romano gracias a ello.

Poco durará la paz. El afán universalista de los cristianos, representado en la figura del obispo de Alejandría, Cirilo, pronto le llevará a enfrentarse a los judíos. Éstos serán expulsados. Los cristianos, gracias a la instauración del miedo y a la intolerancia, la representada tanto por Cirilo como por Amonio, el líder de los parabolanos, y gracias a las piedras y a la sangre derramada por sus espadas, serán los dueños de la ciudad.