Tras su segundo despertar en Matrix, el primero ocurre cuando se desconecta y el segundo cuando "muere", es cuando Neo definitivamente se convierte en el elegido, es el resucitar del Dios, y Morfeo es quien lo ha guiado durante todo su camino, aunque una vez el elegido se muestra como tal se convierte en mero defensor y propagador de su credo. Smith es su alter Ego, el demonio, Neo no se puede entender sin Smith y viceversa. Aunque conforme avanza la saga nos damos cuenta de que la profecía, El Elegido y lo que lo rodea no es más que una ilusión creada por las máquinas como un método de control(quizás no difiera mucho de la realidad) e incluso cuando Neo toma un camino diferente al de sus antecesores todo forma parte de un plan, creado por el oráculo, que pretende cambiar el status quo y llegar a la "paz" (queda claro cuando el arquitecto le espeta "Has jugado a un juego muy peligroso") en el que nada tienen que ver los humanos, y en el que Neo y Smith son simples marionetas.