Si en algo destaca Spy Game es en el amplio elenco de contenidos temáticos que tiene. El tema esencial de la película es la compleja relación afectiva entre los personajes (que durante toda la película absorben la máxima importancia narrativa por encima de la trama en si). Al comienzo, ambos se tratan con indiferencia y un poco de respeto mutuo, pero a medida que pasan los minutos, se comienza a desarrollar un amor paterno filial entre Tom y Muir. Cuando ambos se conocen en Vietnam, Muir llega incluso a casi insultar a Bishop, tratando a este como a un simple niño. Con el paso de los años, Bishop va poco a poco adquiriendo el respeto de Muir al tiempo que Muir pasa de considerarlo un inútil a tenerlo en gran estima. Además, esta relación paterno filial puede percibirse fácilmente en la instrucción de Muir pues aunque le trata con dureza, y en muchas ocasiones le dice que si comete un error no le rescatará, termina por sacrificar todo su dinero para evitar su muerte. Ejemplo de esta relación es una cita que pronuncia Muir al descubrir que la CIA pretende dejar morir a Bishop: “Mi tío tenía un caballo de tiro al que adoraba, pero un verano se rompió una pata. El veterinario propuso sacrificarlo, pero mi tío dijo que por que iba a permitir que alguien decidiese sobre la vida de un caballo que era suyo”.
De igual modo, se da el hecho de que ambos personajes se infieren mutuamente. Por un lado, Muir hace madurar a Bishop desde el estado infantil en el que este se encuentra en Vietnam y le hace madurar asemejándole a su persona. Endurece su carácter y le hace ver que un espía nunca ha de sacrificar su dinero o su vida para salvar a nadie, ya sea ese un amigo, un compañero o una baza. Muir hace crecer a Bishop, reforzándose asi esta relación paterno filial. Por el otro, Bishop logra que Muir pase de ser una persona absorbida por su profesión, que no tiene reparos en traicionar a sus amigos si es necesario, a ser alguien capaz de transgredir una de sus reglas para salvar a un compañero.

Además de esto, otro tema importante es el conflicto que se genera cuando se contraponen lo antiguo y lo moderno.
Muir es un reflejo del pasado, forjado en la guerra fría, nostálgico de los antiguos métodos de espionaje, que no encaja en este nuevo mundo dominado por la nueva tecnología, mientras que la nueva generación es representada por Charles Harper y que nos es presentado como algo parecido a un “Yuppie” metido a espía, que basa todo su trabajo en el manejo de las más avanzadas tecnologías dejando a un lado los métodos de “la vieja escuela”(cabe destacar una escena que ejemplifica esto a la perfección, Mure recuerda que tan solo le falta un día para jubilarse al tiempo que por la televisión una reportera habla sobre la reciente disolución de la URSS, ya que la película se sitúa en 1991).