La serie creada por Gene Roddenberry, Rick Berman, Michael Piller tiene lugar en 2367 y 2369. Comienza con un prólogo: La "Batalla de Wolf 359" tiene lugar al mismo tiempo que uno de los episodios más famosos de Star Trek: The Next Generation, con los caracteristicos Borg. El comandante Benjamin Sisko (Avery Brooks), cuya vida cambió después de que su esposa muriera en la batalla con los Borg en Wolf 359, está asignado para tomar el mando de una estación espacial cerca de Bajor. Rebautizada como Deep Space 9, la estación se convierte rápidamente en un importante centro de comercio y exploración cuando se abre el primer agujero de gusano estable conocido cerca del espacio bajorano. La estación había sido construida por los cardassianos, como Terok Nor, pero recientemente tomada por los bajoranos después de que terminó una ocupación muy opresiva de su planeta. La tarea de Sisko es comandar la estación y reconstruirla debido a que había quedado en ruinas, despojada por los cardassianos después de que se retiraron. Sisko, que viene con su hijo Jake (Cirroc Lofton), ha sido asignado al remoto puesto avanzado de la Flota Estelar, la estación espacial Deep Space 9, en las proximidades del planeta liberado de Bajor, la estación espacial de la Federación Deep Space Nine vigila la apertura de un agujero de gusano estable al otro lado de la galaxia. Una vez que el comandante Sisko llega con su hijo adolescente, Jake, les presentan al agente de DS9, un "cambiaformas" llamado Odo (Rene Auberjonois), y a Quark (Armin Shimerman), un ferengi, quien, como propietario. del bar del paseo de la estación, es también presidente de la Asociación de Comerciantes del Paseo. Pronto, llegan la oficial científica de la Federación, Jadzia Dax (Terry Farrel), un Trill, el oficial médico Dr. Julian Bashir (Alexander Siddig), la mayor Kira Nerys (Nana Visitor) y el jefe de operaciones, Miles O'Brien (Colm Meaney) y antes de que haya siquiera una posibilidad de establecerse y comenzar las operaciones de limpieza, el nuevo oficial al mando, Benjamin Sisko y el teniente Dax, descubren la entrada a un agujero de gusano estable que conduce al cuadrante Gamma de la galaxia, a 60.000 años luz de distancia, algo que es todo menos natural. En el agujero de gusano residen seres que existen fuera del tiempo y que los bajoranos han llegado a adorar como los Profetas. Sisko tiene que supervisar la recuperación del pueblo bajorano que se encuentra al final de una larga guerra con una raza vecina llamada los cardassianos. Esta nueva raza parece ser más poderosa que cualquier cosa que la Flota Estelar y la Federación hayan encontrado antes. Aunque en la superficie no parecen agresivos ni pacíficos, su poder se convierte en una preocupación para la Flota Estelar, ya que su presencia podría eventualmente alterar la frágil paz actual que ya existe entre las superpotencias alienígenas residentes, al intentar ganar un punto de apoyo estratégico adicional allí.

Al estar ambientada en un lugar específico, a diferencia de un espectáculo en movimiento, la serie presenta la primera premisa de Star Trek en la que el escenario principal no es una nave espacial, sino que se desarrolla a bordo de una estación espacial. En el primer episodio, ¨Emissary¨, presenta a los personajes, continuando con la tradición de que un personaje/actor de una entrega anterior de Star Trek aparezca en el estreno de una nueva serie para darles una despedida adecuada, en este caso Picard/Patrick Stewart. Además del protagonista principal, Avery Brooks, asignado a una antigua estación espacial cardassiana, ahora en manos de los bajoranos, hay varios roles a lo largo de los 173 episodios: Rene Auberjonois como el agente Odo, Alexander Siddig como el doctor, Terry Farrell como teniente, Colm Meaney como el jefe Miles O'Brien, Cirroc Lofton como Jake, Nana Visitor como la mayor Kira, Armin Shimerman como Quark y presenta a Michael Dorn como el teniente comandante Worf para el elenco como intermediario entre la Federación y los klingon, lo que resolvió convenientemente la mayoría de los problemas del guión. Y Max Grodénchik, acreditado como el jefe de sala ferengi, más tarde se convirtió en el personaje recurrente de Rom y hermano de Quark. Como curiosidad exponer que Alexander Siddig y Nana Visitor se casaron en la vida real en 1997, aunque se divorciaron en 2001.

La serie se ve empañada al llevar la mayor parte de la acción a la estación; los escritores también descubrieron que era mucho más fácil que los personajes lidiaran con las consecuencias a largo plazo de sus acciones, a diferencia de la tripulación de una nave espacial, que estaría en diferentes lugares cada semana. Sin embargo, en temporadas sucesivas, debido al ambiente estático de una estación espacial, el estudio presionó por ideas radicales para aumentar nuevamente la popularidad del programa, algunas de sus sugerencias incluían la destrucción del planeta Bajor o llevar la acción al espacio exterior y lejos de la estación.

Aunque todo "Star Trek" abarca interesantes temas, incluida la guerra y la paz, el valor de la lealtad personal, el autoritarismo, el imperialismo, la lucha de clases, la economía, el racismo, la religión, los derechos humanos, el sexismo, el feminismo y el papel de la tecnología y otros aspectos sociales complejas cuestiones, "Deep Space Nine" tiene matices más oscuros y otros muy serios, abordando el genocidio, el terrorismo, la intolerancia y las consecuencias de la guerra, mucho más que otras series de Star Trek.

En ¨Star Trek: Deep Space Nine(1993-1999)¨ destaca la maravillosa música inicial y final de Dennis McCarthy con su atrapante leitmotiv. Una vez finalizada la producción y desmantelados los decorados, el conjunto del puente Defiant se declaró "plegado y retenido" y se almacenó. Fue redecorado y utilizado como puente de una nave de carga alienígena y un crucero de batalla Klingon en Star Trek: Voyager (1995) y el puente del ECS Fortunate en Star Trek: Enterprise (2001).
​