Nos encontramos con: Shinji, un niño marica con serios problemas con su padre; Asuka, una chica histriónica con serios problemas con su madre; y Rei, un ser humano sin emociones. Todos ellos trabajan para NERV, una organización dirigida por el padre de Shinji y creado específicamente para combatir a los ángeles.
Los primeros episodios siguen el mismo patrón: un Ángel aparece, y NERV tiene que encontrar una manera de derrotarlo.
Sin embargo, a medida que la serie avanza, cada vez se dedica más tiempo al psicoanálisis de los personajes, y a revelar siniestras conspiraciones incomprensibles. El verdadero final de Evangelion (filmado más tarde porque el final original apestaba, aparentemente) es probablemente la cosa más extraña, incomprensible y patética jamás creada.