Explicación final:
- Prot si es un extraterrestre, digamos que es como una entidad alienígena que invade cuerpos humanos, en este caso, el de Robert Porter (su amigo, el cuerpo recipiente) ... en el desenlace lo que vemos es que Prot abandona el cuerpo de Robert Porter que usó como recipiente para marcharse a su planeta K-Pax y al hacerlo, el cuerpo de Robert queda en estado catatónico.

Muchos datos y diálogos confirman que Prot es de K-Pax:
- No reacciona ante la medicación.

- Puede captar la luz ultravioleta y los humanos no.

- En el planetario traza un diagrama de la trayectoria orbital que atraviesa su planeta bajo la sorpresa de diversos astrónomos.

- A excepción de un astrofísico nadie conoce la posibilidad de que existan planetas en ese sistema solar.

- Desaparece del psiquiátrico sin que nadie lo encuentre durante días.

- Prot dice al doctor Powell que ahora que ha encontrado ha Robert que lo cuide bien.

Escena post-créditos:
El doctor Powell observa las estrellas esperando a que Prot vuelva.