Corre el año 1964. Ha pasado un año desde el asesinato de Kennedy. En el mundo occidental hay una cierta sensación de que las cosas están cambiando, avanzando para mejor, dejando atrás la visión de una vida conservadora y estricta. No en vano, estamos cerca del Mayo del 68. En este contexto se sitúa La Duda. La historia transcurre en la escuela católica St. Nicholas, en el barrio neoyorquino del Bronx. También allí dentro parece que los tiempos están cambiando como cantaba Bob Dylan ese mismo año. Sin embargo, hay alguien que se resiste a acceder a esos nuevos cambios. Ella es la hermana Aloysius Beauvier, interpretada magistralmente por Meryl Streep, directora de la escuela. Es una mujer estricta, dura, con mano de hierro, intolerante y fría. Una mujer que se siente atacada tras la llegada de un nuevo sacerdote a la parroquia, el padre Flynn, interpretado también maravillosamente por Phillip Seymour Hoffman. El padre Flynn representa la llegada de aire fresco. Un sacerdote carismático, un sacerdote que parece agradar a los feligreses. Un hombre con atípicos sermones. Un hombre que, vaya horror, escribe con bolígrafo y se permite cantar hasta canciones no religiosas en Navidad. Un hombre preocupado por sus alumnos, atento, cercano. Un hombre nada parecido a la dura directora de la escuela.

Tras la presentación de este contraste de caracteres, de este contraste de épocas, de este contraste de maneras de entender la vida, aparece en escena la hermana James, interpretada grandiosamente, como no, por Amy Adams. Una inocente joven, también profesora en la escuela, que da la voz de alarma. Según ella, uno de sus alumnos, Donald, el primer muchacho negro en la historia de la escuela, muestra señales de sufrir un acoso por parte del padre Flynn, quién mima y atiende cálidamente al joven muchacho. Una simple llamada al despacho del sacerdote. Una simple mala cara en medio de una clase. Una toalla en una taquilla. Suficientes motivos, cree pensar la hermana James, para dar la voz de alarma a su superiora. Ésta, esperando su oportunidad, se lanza ferozmente contra el sacerdote. Abre una campaña en su contra en la que todo vale. Mentiras, calumnias, manipulaciones. Nadie sabe con certeza qué ocurrio. Simplemente ella tiene la seguridad (o quiere tenerla) de que el padre Flynn es un pederasta que ha abusado de un alumno y, por tanto,el fin justifica los medios.