Los comentarios relativos al final de la obra son lo que me anima a escribir en la "zona spoiler" y lo que aporto es mi propio análisis del por qué, descorazonador o no, el final me parece coherente, lejos de los finales forzados de tantos otros animes.

Desde mi punto de vista, sólo había 2 posibles finales que fueran coherentes con las personalidades presentadas y uno era el que vimos, que, además, deja abierta todas las posibilidades que se nos ocurran y deja a todos los personajes lejos de la soledad y aún, libres. Lo que a mi entender es "el camino del samurai", vamos.

Diría que, salvados Jin y Mugen (hubiera sido perfectamente comprensible la muerte de ambos o al menos de uno, aunque imperdonable por otro lado, dejando abierta la puerta de una pareja) lo que queda es confesar que se han hecho amigos y luego seguir sus caminos porque Mugen es aún incontrolable y además, son personalidades muy diferentes: Mugen, apasionado e impulsivo, que en más de una ocasión se ha encontrado con la muerte y Jin, equilibrado y reflexivo que la sabe evitar. Pero quien hubiera podido marcar la diferencia en la separación final es Fuu. La opción de Fuu era o un acercamiento a Jin (recordemos la conversación en el río la última noche) o no acercarse a ninguno porque Mugen deja claro continuamente el tipo de mujer que le gusta... La última imagen alrededor del fuego, con los 2 heridos comiendo arroz, Mugen sin modales ni control frente a Jin educado y comedido, con Fuu sentada entre ambos, creo que viene a reflejar que ella no sabe desprenderse de ninguno (cosa que dejó clara en los episodios con Sara), por tanto, al final se separan en busca de sus propios caminos pero sabiendo que nunca más estarán solos.
El personaje de Fuu es una adolescente que aún tiene que madurar. Recordemos que se pasa muchos episodios preguntándose por qué ellos no le prestan atención a nivel sentimental / sexual, pero lo cierto es que ellos no saben que el hombre al que Fuu está buscando es su padre en realidad. Es decir, que aunque Fuu es generosa y se preocupa por sus compañeros, alberga inseguridades y tampoco se confía en ellos desde el principio.
El personaje de Mugen es el que tiene menos filtros a todos los niveles llegando incluso a charlar con de sexo con Fuu, pero por su personalidad independiente, un tanto salvaje, y sus circunstancias, le cuesta empatizar con los demás y, por tanto, es algo egoísta y despreocupado. Es hacia el final cuando empieza a cambiar en este sentido gracias a la influencia de Jin y Fuu.
El personaje que más evoluciona en mi opinión es Jin y en esto tiene mucho que ver Fuu. Lo que pareciera un episodio de relleno (el 12) o únicamente de retrospectiva en lo que se ha dado en la serie hasta el momento, es más bien un punto de inflexión. Es la primera vez que Mugen y Jin pueden prestar atención a cómo se siente Fuu siendo una chica de 15 años que no busca peleas con katanas por la emoción del enfrentamiento, que le inquietan los silencios de Jin y que desconfía de la fiabilidad de Mugen en situaciones críticas. Jin no pasa por alto los detalles y, por tanto, es en adelante el que se preocupa por el estado emocional de Fuu mientras que Mugen sigue siendo un personaje de acción, sin que esto signifique que no sepa redirigirse y pelear para salvar a los demás.

La evolución personal de los personajes, a mi entender, es dejar de estar solos y empezar a contar con los demás sin renunciar a ellos mismos. Al respecto, Fuu tiene asumida la primera parte (viajar unidos) pero le preocupa la segunda (su propia identidad); sin embargo, ellos tienen muy asumida la segunda (el "yo" bien afianzado) y están aprendiendo la primera (considerar a los demás). En ambos casos, se necesita de los otros para hacer esta evolución. Por eso, cabe entender que el final de la serie es el que es, aunque represente un comienzo para los 3.