- El primer mensaje-D que envía Okabe al morir Kurisu, provoca cambiar la línea temporal de beta a alfa (eso sólo provoca una divergencia de más del 1%, a pesar de que los demás mensajes casi no cambian la divergencia), y el SERN empieza con su plan para controlar el mundo, a pesar de no ser el destinatario del mensaje.
- En la línea temporal original, nadie había inventado la máquina del tiempo (la de Okabe no sabe ni que funciona), entonces no tiene sentido que vuelva Suzuha con la máquina que sólo va hacia atrás de un futuro en el que el SERN controla el mundo (se supone que eso se provoca cuando Okabe manda el mensaje a Daru).
- Que Suzuha no conozca al padre, no tiene explicación plausible (ni una foto, ni nombre, ni nada), sólo un pin que se hace en la línea temporal alternativa, y sólo después de derrotar a los malos...
- Aunque no tiene mucho sentido que deje a desconocidos (Faris, Moeka) enviar mensajes al pasado sin saber qué pone en ellos, sería más fácil deshacer todo enviando un mensaje al día antes de empezar todo y explicar que no deje a nadie tocar o mandar mensajes, sin tener que ir uno por uno deshaciéndolos, ni complicarte la vida tanto.
- Algunas muertes están a fuego en el destino (Mayuri) y no se pueden cambiar sin el 1% de divergencia, pero otras se pueden evitar fácilmente (padre de Faris, Kurisu con el primer mensaje), y lo mismo para el resto de cosas, ¿cuáles con imposibles de cambiar y cuáles no? ¿Al destino le importa una muerte más que un negocio o un accidente?
- La visita de Suzuha a 2010 (para buscar a su padre del que no tiene ningún dato) no tiene sentido, si su misión para salvar al mundo era conseguir el IBN 5100, ¿para qué se detiene a trabajar a tiempo parcial en otra época?
- El propio IBN 5100 que encuentra Okabe en el templo en la línea alfa (en la que transcurre casi toda la serie), no puede existir hasta que no viaje Suzuha al pasado a conseguirlo y dárselo al padre de Faris para que lo done al templo... Entonces es paradójico que tenga que arreglar cosas para conseguir que Suzuha viaje al pasado para conseguirlo (ya lo tenía antes de arreglar nada).
- Cuando arreglan toda la trama del SERN de dominar el mundo... resulta que el padre de Kurisu también tiene documentación sobre cómo crear una máquina del tiempo (escrito por Kurisu, a pesar de que siempre dijo que era imposible de inventar), y esto provoca la tercera guerra mundial, con máquinas del tiempo que van hacia atrás y hacia delante (inventadas también por Okabe y Daru), y Suzuha vuelve a conseguir acceso a una máquina para viajar al pasado, y la única manera de arreglarlo es fingir que Kurisu murió para que el documento se queme en el avión.... ¿no era más fácil mandar un mensaje-D a Kurisu el día anterior, diciendo que no lleve el documento a la convención, que corre peligro?
- ¿Quién envía los mensajes de "te están vigilando", "sabes demasiado", etc. a Okabe?