La relación entre la protagonista y el androide carece completamente de sentido. En la segunda parte, se nos presenta a una mujer que ha perdido a su hija y a una niña que queda huérfana de manera traumática, lo cual genera una empatía natural con el espectador. Sin embargo, un androide infantil, un simple regalo de su padre, no es suficiente para crear una conexión tan profunda como para justificar que la protagonista, Rain (interpretada por Cailee Spaeny), llegue a arriesgar su vida por él.

El odio visceral que Tyler siente hacia el androide Andy, manifestado como un acoso de tipo escolar, se vuelve increíblemente tedioso e incomprensible. Esto solo refuerza la idea de que el guion es más adecuado para una película de terror adolescente que para algo más serio.

La conexión con Alien, El octavo pasajero: A través del hecho de recuperar al Alien de la primera película y hacer que destruya la estación, se nota forzada y metida con calzador. Además, en un momento de la película, se muestra chatarra espacial de la Nostromo, lo cual genera confusión, ya que da a entender que las cápsulas de hipersueño que intentan recuperar podrían ser de la Nostromo, a pesar de que esta fue destruida. Esta confusión se agrava cuando descubrimos que se ha construido otra estación para investigar el material alienígena, y resulta completamente inverosímil que solo haya cuatro cápsulas cuando hay seis tripulantes. Es difícil de creer que la compañía construyera una base espacial para estudiar al xenomorfo y que, además, un grupo de cuatro don nadies fueran los primeros en enterarse y llegar. Hay un límite de incoherencias que el espectador puede aceptar.

La conexión con Aliens se introduce de manera torpe a través de las armas, específicamente el rifle pulsador, pero lo hacen de una forma absolutamente absurda, argumentando que no pueden dispararlo porque causaría una descompresión. Es una idea ridícula e incoherente, darles un arma que no pueden usar a personas sin formación ni experiencia. ¿Por qué? El argumento de que las ametralladoras asustan a los Aliens es simplemente risible y no puede tomarse en serio.

La película está repleta de escenas absolutamente inverosímiles. La persecución de los facehuggers por toda la nave y la escena del "No hagas ruido" con los facehuggers son innecesarias y poco creíbles. Las escenas de matanza de Aliens sin gravedad, y la de esquivar ácido volador, también sobran. El androide Andy en modo superhéroe es simplemente un exceso. Las múltiples apariciones de Ian Holm como Root en lugar de Ash, además de estar mal realizadas, no eran necesarias y le otorgan un protagonismo que no se justifica.

La conexión con Prometheus es confusa y deja muchas preguntas sin respuesta. Si el oficial científico fue quien generó el líquido negro de Prometheus, ¿cómo es que los Ingenieros también lo produjeron?

En cuanto a la conexión con Alien: Resurrección, es inaceptable que hayan vuelto a recurrir al recurso del nacimiento de un híbrido humano/alien por tercera vez en la saga. Es una repetición innecesaria y carente de sentido. Además, el híbrido parecía en parte un Ingeniero, lo cual parece gratuito y absurdo.