Craig es un titiritero con un enorme talento, aunque sus complejas obras no son exactamente el tipo de cosas que atraigan mucho público por la calle, así que decide buscar un trabajo de verdad. Así que se convierte en el archivista de una extraña compañía en la planta 7 y media de un edificio. Su jefe es un tipo peculiar que cree que no se le entiende cuando habla y que en su casa tiene una sala/santuario a John Malkovich. Y en la oficina, hay un conducto detrás de un archivador que permite al que entra experimentar el mundo a través de los ojos del actor durante un rato. Craig y su compañera Maxine, de la que está locamente enamorado, deciden vender a la gente esta experiencia.

Para hacerlo todo más lío, Maxine seduce a John Malkovich y se enamora de la mujer de Craig, Lotte, y tienen relaciones cuando ésta está dentro de la mente de Malkovich. Eventualmente, John Malkovich descubre todo así que Craig se introduce en su mente, utilizando sus habilidades de titiritero para controlarlo durante meses (cosa que otros no pueden hacer). Malkovich abandona su carrera para convertirse en el mayor titiritero de la historia (controlado por Craig, claro) y vivir con Maxine.

En una movida muy loca, resulta que Malkovich es un vehículo utilizado por el jefe de la empresa de Craig para extender su vida, viajando de cuerpo en cuerpo cuando se abren nuevos portales, que es cuando el vehículo actual cumple 44 años. Finalmente, el jefe y otros ancianitos consiguen que Craig deje el cuerpo y se meten todos por el portal. Craig intenta volver pero queda atrapado en el cuerpo del nuevo vehículo: la hija recién nacida de Maxine y John Malkovich.