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El robot principal, Madre, no es malo, ni quiere eliminar a la humanidad, todo lo contrario, está programado para garantizar repoblar la Tierra después de una extinción apocalíptica, y su labor es encontrar la figura de una madre real, que tenga unos valores que garanticen que la nueva humanidad no va a repetir el mismo patrón autodestructivo que llevó a la humanidad al desastre.

Para ello, primero utiliza el embrión APX01, que es la mujer representada por Swank, y que fue un fracaso, porque se mostró egoísta, un valor que la nueva humanidad no podía permitirse. Es por ello que es desterrada fuera de la base.

Después pone en marcha el segundo embrión, APX02, que es la niña que no quiere a los humanos, y que es incinerada por Madre considerando que igualmente es otro experimento fracasado.

Finalmente, desarrolla el tercer embrión, APX03, que es el papel de Rugaard, y en el momento de la aparición de la actriz, nos dan un dato, que han pasado 13800 días desde la extinción, unos 37 años, que es la edad que tendría en ese momento la mujer representada por Swank. Y otro dato que nos dan es que sólo hay un humano, pero no dice vivo, ni en la Tierra, sino residente, es decir, sólo hay un humano residente en la base, porque Swank está fuera de la base.

Al final, Rugaard supera su examen, al salir detrás de Swank y volver a la base, y Madre considera que este es el experimento exitoso, y considera que ella debe ser la "madre de la nueva humanidad", de ahí el título de la película "Yo soy Madre", que empieza a cuidar del bebé varón recién llegado.

Puede parecer que Madre asesina a la mujer representada por Swank, pero en la última escena se intuye que la deja vivir y ayudar a Rugaard en la repoblación de la nueva humanidad. Rugaard está cantando una nana al bebé para que se calme, y de repente se calla y otra mujer sigue cantando la letra, y con un tono de voz diferente, por lo que se intuye que es la figura de Swank la que sigue la canción.