La película es sobre una chava llamada Julia que se prostituye, pero una noche no le va bien así que le pagan poco y se va a su casa triste, ya en su casa Alex (en ese momento no se sabía quién era el villano) le inyecta lo que parece ser un sedante.
Cuando Julia despierta está en lo que parece ser una especie de hospital y ahí le ponen un bozal y le atan las manos, después la llevan a una celda donde hay 2 personas más como ella y después de unas horas planean escapar y lo logran pero en el transcurso de huir los otros 2 mueren y Julia entra a lo que parece ser la casa del dueño (Axel) del hospital-laboratorio ya que todo está en un mismo lugar.
Con el paso de los días ella se va haciendo amiga de Tau quien es una inteligencia artificial que controla la casa de Alex, ella le cuenta sobre el exterior a cambio de que Tau le de información sobre lo que tiene de sospechoso Alex en su casa.
El día del escape final Alex se enoja 3 veces con Tau por no limpiar y por dejar escapar a Julia y lo castiga borrándole la memoria entonces Julia decide quedarse y huir con TAU pero Axel le borró muchos días de memoria así que TAU no recuerda a Julia, horas después Axel se lleva a Julia a su laboratorio privado ya que es su conejilla de indias y ella logra escapar de él y lo corta una mano para poder abrir las puertas (ya que se abrían por medio de las huellas de la mano); Julia llega al cuarto de Axel y encuentra un botón para destruir todo el edificio y lo aprieta entonces ella busca salir de ahí antes de que todo se venga abajo pero no lo logra entonces se refugia bajo una mesa y cuando ve un hoyo entre todo el derrumbe huye con una mini versión de TAU.

Es 1926 en Nueva York y la comunidad mágica de Norte América se enfrenta a peligros cada vez mayores: un ente misterioso ha dejado un camino de destrucción a su paso por las calles, que representa la amenaza de dejar al descubierto la existencia del universo de magia ante los Second Salemers, una congregación de nomagos (como llaman a los muggles en Norte América) fanáticos que busca erradicar a todos los magos y brujas. Además, Gellert Grindewald –un mago oscuro muy poderoso– ha desaparecido sin dejar rastro alguno después de haber provocado un caos de destrucción en Europa.
Con total desconocimiento de estos sucesos, Newt Scamander llega a Nueva York en su excursión por el mundo para encontrar y resguardar a una variedad extraordinaria de criaturas mágicas, algunas de las cuales viven en una dimensión oculta dentro de su aparentemente inofensiva maleta de piel. Una serie de eventos desastrosos se desencadena cuando, inesperadamente, un nomago llamado Jacob Kowalski permite que algunos de los animales que viven dentro de la maleta de Newt escapen por la ciudad, ya en caos latente.
Tina Goldstein, una ex Auror, ve la oportunidad de recuperar su trabajo y entra en escena a nombre del Estatuto del Secreto. Sin embargo, las cosas toman un rumbo imprevisto por la intervención de Percival Graves, Director de Seguridad de Magia en MACUSA (Congreso de Magia en EUA, por sus siglas en inglés), quien siembra un ambiente de sospecha en contra de Newt… y Tina.
Newt y Tina ahora son aliados, junto con Queenie (hermana de Tina) y su nuevo mejor amigo nomago, Jacob. Juntos forman un grupo de héroes muy poco usuales con la misión de reunir a los animales que escaparon antes de que haya algún daño. Pero no será tan fácil como lo imaginaron porque los cuatro amigos –ahora fugitivos de MACUSA– cruzarán su camino con fuerzas oscuras que amenazan con provocar una guerra entre el mundo de la magia y el de los nomagos.

Coraline acaba de mudarse junto a sus padres a unos departamentos, llamados "Pink Palace Apartments". Ya que sus padres están muy ocupados con su trabajo, Coraline empieza a explorar la casa y alrededores, conociendo a varios peculiares vecinos como el señor Bobinsky, las señoritas Spink y Forcible y Wybie,

Wybie le regala a Coraline una muñeca, diciéndole que la encontró en el cajón de su abuela y que se la regalaba porque se parece mucho a ella. Coraline también descubre una antigua puerta pequeña escondida por el papel tapiz en una pared de su casa, la cual tras ser abierta resulta estar tapada con ladrillos.mEsa misma noche, Coraline es guiada por unos ratones ante la misma puerta, la cual resulta tener una especie de pasadizo que la lleva a un mundo paralelo, llamado "el otro mundo", habitado por su Otra Madre y su Otro Padre, pero tienen botones negros por ojos.
Entusiasmada, Coraline comienza a visitar cada noche el otro mundo, en el que encuentra versiones de sus verdaderos vecinos. Durante una visita Coraline se encuentra con el gato negro de su realidad, pero este no tiene botones en lugar de ojos y está dotado con la capacidad de hablar, con la que le advierte del peligro que corre en el lugar. Después de tres noches, la otra madre le ofrece a Coraline la oportunidad de quedarse en el otro mundo para siempre, con la condición de dejarse coser botones en los ojos. Coraline se niega y decide volver a casa durmiendo, pero no puede, así que se enfrenta a la otra madre, lo que provoca que ésta se transforme en un horrible ser, y la encierre en un espejo.
Allí se encuentra con los fantasmas de tres niños que fueron las anteriores víctimas de la Otra Madre. Le explican como Otra Madre utilizó una muñeca parecida a ellos para espiar sus vidas, viendo que no eran felices, y los trajo al Otro Mundo con juegos y regalos, prometiéndoles una vida mejor, por lo que ellos aceptaron que les cosiera los botones; le cuentan a Coraline cómo se aburrió de ellos y consumió sus vidas, encerrando sus espíritus detrás del espejo. Le piden a Coraline que encuentre sus ojos, que fueron escondidos en el Otro Mundo por la Otra Madre, para que así ellos puedan ser libres y descansar en paz.
El otro Wybie saca a Coraline y le ayuda a escapar hasta su hogar, una vez en casa, los padres de Coraline nunca se presentan y el gato le muestra vía un espejo que sus padres han sido secuestrados por la Otra Madre. Sin más remedio que regresar al otro mundo, y armada con "El caramelo del ojo" , otorgado por Spink y Forcible, Coraline se va a rescatar las almas de los niños, y reta a la otra Madre a un juego: si Coraline logra encontrar los ojos de los fantasmas y a sus verdaderos padres, todos podrán irse, pero si no lo consigue, ella se quedará en el Otro mundo para siempre, se dejará coser botones en sus ojos y los tres niños que han perdido sus ojos y almas seguirán en manos de la Otra Madre.
Coraline escapa junto al gato, cerrando la puerta hacia el otro mundo y cortándole la mano mecánica a la Otra Madre. Coraline cierra la puerta también en el mundo real y se encuentra con sus padres sanos y salvos, sin recuerdo alguno de dicha experiencia.
Al llegar la noche, Coraline es visitada por los fantasmas de los tres niños por última vez, quienes le advierten que ella seguirá en peligro mientras conserve la llave de botón que abre la puerta al otro mundo. La amputada mano de la otra madre, que ha podido cruzar al mundo real, ataca a Coraline, pero es destruida por Wybie. Los pedazos de la mano y la llave son arrojados al pozo, que después es tapado por los dos jóvenes.