Fernando (Paul Hamy) es ornitólogo, rama de la zoología que se encarga de estudiar las aves. Se encuentra en una expedición en un bosque en Portugal, nada un poco en el río, contempla unos patos, habla con su novio, se mueve en una canoa por el río, observa algunas aves, graba sus apuntes, hasta que al distraerse termina en unos rápidos y volcado.

Son esos los primeros minutos de este largometraje que emerge como un cuento fantasioso, donde Rodrigues quien también funge como guionista, evoca una serie de hechos atípicos que sumerge al espectador en un trance, llevando a Fernando a un vía crucis dentro de su existencia, lo que cree, alrededor del espiritu del bosque, sin importar si es la presencia de espíritus malignos o San Antonio haciendo de las suyas.

Se va desgranando cualquier posibilidad de coherencia en la trama, el protagonista desciende a la locura, en un atmósfera del bosque que se vuelve cada vez más chocante, más agreste, con elementos simbólicos que aparecen una y otra vez.

A destacar dentro de todo este panorama la cuestión religiosa, que es lo más recurrente, el texto que aparece al inicio del film referido al ya mencionado San Antonio, el camino a Santiago que llevan las peregrinas chinas, con una fe envolvente, la imaginería religiosa que aparece avanzado el metraje, la aparición de Jesús (resurrección incluida) o la paloma como símbolo del espíritu santo, ni que decir de ese final tan significativo, todo frente al ateísmo del protagonista.

O Ornitólogo se siente como un viaje surreal, en un bosque donde pareciera que todo es permitido y donde este hombre, interpretado de forma sublime por Hamy, deberá hacer lo posible no solo para sobrevivir, sino para sobrellevar su condición espiritual.