La historia de Azumi se desarrolla en el Japón feudal, cuando existían excesivas luchas por el poder de la nación.

Luego de una lucha civil intensa, en que Japón queda semi destruida, un general que luego se convertiria en el maestro, es testigo de la muerte de su propio hijo. El máximo sacerdote, instruye a este entrenar un grupo de jovenes asesinos para frenar las ambiciones de unos cuantos grupos de poder.

Azumi (y sus acompañantes asesinos jovenes entrenados) debe cubrir la necesidad de parar esas interminables luchas por el poder, guiados por su maestro. En el cumplimiento de su misión, se ven escenas realmente tristes, como la muerte de sus compañeros, o de algunos poblados indefensos.

Azumi se convierte, luego de la muerte de su maestro, en la portadora de esa misión, que consiste en conseguir una paz duradera, aplastando por la destreza y por la fuerza a los ambiciosos señores feudales sedientos de poder.