Primero, la duración de la película, solo cerca de 100 minutos de forma injustificada, esto queda mas claro al terminar de verla, había mucho, mucho más que podría haberse agregado, especialmente con el tiempo que tuvieron para hacerla.

2) La trama, demasiado lineal, no hay historias paralelas, flashbacks (excepto por la historia de Yui), ni nada, ademas se centra mucho en la relación Shinji/Kaworu sé que es parte de la historia, pero ocupa demasiado de ella.

3) Wille, Wille es la gran novedad de este nuevo giro y sin embargo no se muestra nada de ella, como se formo, que ha sido de Misato, Ritsuko, Asuka, Mary y los demás ¿que paso con Kaji? ¿Por que ellos sobrevivieron? Sé que han pasado 14 años, pero esperaba al menos algo de la historia de ellos, una trama paralela que no solo justifique sino que argumente su existencia y de algunas explicaciones.

4) Relacionado con lo anterior quedan demasiadas dudas, por ejemplo: ¿Como se recuperó Asuka? ¿Por que el parche en el ojo? ¿Que pasó con el EVA de Kaworu? ¿Que o quien es el que ataca a Wille? Si la respuesta anterior es NERV ¿como lo hace, de donde saca los recursos? ¿Quienes sobrevivieron y cómo? esta bien que Evangelion se destaque por intrigas pero deja muchas dudas que no son intrigas sino vacíos de argumento y trama.

5) Rei. Esta bien que Shinji sea un fracasado y lo demás, pero la ultima épica acción que hace en la 2 película debe tener algún sentido, Rei también, esta bien que la puedan clonar y todo, pero la Rei de la 1 y 2 le daba cierta continuidad a su personaje a través de sus experiencias, pero ahora echaron por tierra todo eso como si nada.

6) Sé que la idea es dar la sensación de desolación y vacío, pero no tiene por que ser así literalmente, no hay contenido en los personajes, adiós cuestionamientos existenciales, auto-superación, conflictos internos de parte de los demás personajes, Shinji no es el único que piensa, en la serie original cada uno contaba, ahora todo se centra en Shinji... y Kaworu.

7) Inicio > Final, En toda película existe mínimo un inicio, un desarrollo y un final, o un alzamiento, fallo, redención. La verdad esperaba un enfrentamiento entre NERV y Wille, pero no inmediatamente después de salir de la laguna de trama que hay entre Shinji y Kaworu, algo como un enfrentamiento que diera la oportunidad a ambos bandos de justificar sus razones y luego si una lucha final que definiera todo. Un Kaworu luchando a muerte contra Wille, Asuka siendo traicionada por sus sentimientos, Shinji tomando alguna decisión, pero nada. La película comienza y luego entra en un valle del que nunca mas se sale.

8) Continuidad. Han pasado 14 años, en la película y parece que más en la producción, es una película que no tiene nada que ver con la anterior, no hay continuidad de nada, excepto por el carácter de Asuka. Lo peor es que no solo no se conecta con las anteriores, tampoco plantea nada para la próxima.